A trama se passa no Japão feudal e acompanha Hyakkimaru, um jovem ronin que perdeu 48 partes de seu corpo ao nascer. Seu pai, um senhor feudal ambicioso, fez um pacto com 48 demônios para garantir a prosperidade de suas terras. Hyakkimaru foi abandonado logo depois do nascimento, mas sobrevive e ganha próteses mecânicas. Ele parte em uma jornada para matar os 48 demônios, recuperando uma parte de seu corpo a cada vitória.